يهدف فرع الاحياء المجهرية في كلية الطب البيطري الى تدريس العلوم الخاصة بالاحياء المجهرية والطفيليات وفق مناهج علمية موحدة لجميع كليات الطب البيطري في القطر للمراحل الاولية ومرحلة الماجستيروالدكتوراه فضلا عن انجاز البحوث المتعلقة بهذه العلوم بغية اعداد اطباء بيطريين وباحثين علميين في هذا الحقل من المعرفة .

الرسالة :

 -1 –  العمل الجاد عن اعطاء طلبة المرحلة الثالثة المعلومات الكافية بجميع اختصاصات علوم الاحياء المجهرية من البكتريا المرضية والفايروسات والفطريات التي تصيب الحيوان والانسان والتطورات الحديثة في هذا المجال لكي يكون مدخلاً للعلوم الاخرى في السنوات اللاحقة منها الامراض المعدية وامراض الدواجن والامراض المشتركة
2  -أعطاء الطلبة المعلومات الحديثة اللازمة في علم المناعة للاحياء المجهرية وكيفية مكافحتها بالمضادات واللقاحات
3  – - أعطاء دور للطبيب البيطري في العمل في مجال المختبرات والصحة العامة واللقاحات البيطرية
الاهــــــــــــــداف :
1 – - مواكبة التطور في مجال علوم الاحياء المجهرية والمناعة عن طريق تحديث المناهج الدراسية وتشجيع التدريسيين على مواكبة التطور في علوم البايولوجي الجزئي والهندسة الوراثية
 - 2  – تأهيل مختبرات الاحياء المجهرية ورفدها بأحدث الاجهزة والوسائل لتشخيص الاحياء المجهرية
الرؤيا :  يتطلع فرع الاحياء المجهرية ان يكون مصدراً علمياً وبحثياً كالعلوم الاخرى في كلية الطب البيطري يعني اعطاء المعلومات والمعرفة الكافية لعلوم الاحياءالمجهرية من جراثيم مرضية فايروسات , فطريات , وعلم المناعة تعمل وتضمن لرفع مستوى طلبة الدراسات الاولية والعليا لتشخيص المسببات المرضية التي تفتك بالثروة الحيوانية والسيطرةعليها.