يتكون الهيكل التنظيمي لمركز الحاسبة الإلكترونية من إدارة المركز وعدد من الشعب والوحدات الإدارية والفنية التي تتولى تنفيذ المهام المناطة به، وتشمل: شعبة الموقع الإلكتروني، وشعبة التدريب والدعم الفني، وشعبة الأنظمة والبرمجيات، والشعبة الإدارية، ووحدة صيانة الحاسبات والشبكات، وذلك استناداً إلى الأوامر الإدارية الصادرة من رئاسة الجامعة،